与陆地动物一样，水产动物的普通疾病也非常多。据有关部门调查，目前国内鱼虾病害种类已达200多种。如虾鳟等传染性造血器官坏死病、鳜传染性肝肾坏死病、草鱼出血病、鲤痘疮病等。细菌性烂鳃病造成鱼体色发黑，食欲减退，打开病鱼的鳃盖可见鳃盖内表面的皮肤充血发炎，中间部分常烂成圆形的透明小窗，俗称“开天窗”。
动物寄生虫病和普通病由于多呈隐袭性或慢性，常造成畜禽发育迟缓、生育能力降低、疾病丛生，甚至导致死亡，其损失也较严重。另外，动物寄生虫疾病还能传染给人类，严重危害人类健康。
我国经常暴发动物疫情。农业部每个月的《兽医公报》上，都会发布《动物疫情通报》的统计。对于生病的动物肉，我国允许把某些病畜肉作为原料制作“有条件可食肉”。所谓有条件可食肉是指：“仅有一般性的传染病，轻度感染的寄生虫病以及普通疾病，或仅有个别器官有病变的肉”，经高温处理、冷冻处理、盐腌处理、产酸处理及切除病患部位等无害化处理后可以食用。中华人民共和国卫生部发布的《肉类加工厂卫生规范》指出有条件可食肉：指必须经过高温、冷冻或其它有效方法处理，达到卫生要求，人食无害的肉。
