春天采收的肉苁蓉，晒干后就可以直接入药了。它味甘，性微温，入肾、大肠经、可补肾、益精、润燥、滑肠，治男子阳痿，女子不孕、带下、血崩，腰膝冷痛，血桔便秘。治疗阳痿不育，可与熟地、菟丝子、五味子等配伍治疗女性宫寒不孕，常配鹿角胶、当归、熟地等;治肾虚腰膝酸软，可与巴戟天、杜仲同用;润肠通便可单用，或配当归、麻仁同用。
中药学家们一直致力于肉苁蓉的现代药理研究。上世纪90年代，我国天然药物学家屠鹏飞教授和他的研究组对肉苁蓉药材进行了大量的调查、考证，我国肉苁蓉属植物有四个品种：荒漠肉苁蓉、盐生肉苁蓉、管花肉苁蓉和沙生肉苁蓉。其中，生长在新疆的管花肉苁蓉与传统入药的荒漠肉苁蓉有极相似的化学成分和药理作用，有些有效成分的含量还高于荒漠肉苁蓉。因此，管花肉苁蓉已被正式载入2005年版《中华人民共和国药典》。研究者也对肉苁蓉的化学成分和药理作用进行研究，结果发现肉苁蓉所含的苯乙醇苷类化合物在治疗血管性痴呆方面具有独特的作用。
总结现有的研究，肉苁蓉具有以下功效：
保护神经系统肉苁蓉不仅是神经保护剂和脑血液循环改善剂，同时具有抗疲劳作用。对于脑力劳动者以及记忆减退，老年痴呆症初期的患者都非常有益。
壮阳肉苁蓉中起补肾壮阳作用的有效成分是苯乙醇苷类成分，如松果菊苷、洋丁香酚苷等。
抗寒、抗疲劳和抗衰老荒漠苁蓉中的多糖和甘露醇可以使小鼠皮肤羟脯氨酸含量增加，延缓皮肤衰老。衰老模型小鼠实验表明，肉苁蓉提取物对肝细胞和大脑皮质都有明显保护作用。
