治疗管理不规范是导致结核菌基因突变而发生耐药结核的主要原因。WHO报道新病人中10.2%的病人至少对一种抗结核药物耐药，耐多药率1.1%;复治病人中18.4%的病人至少对一种抗结核药物耐药，耐多药率 7.0%。WHO估计每年全球新出现30～60万耐多药结核病人，现有耐多药结核病人可能达到100万，其中大约四分之一的耐药结核病人在中国。2000年数据显示，我国结核耐药率高达27.8%，初始耐药18.6%，继发耐药46.5%;2007-08年全国耐药结核病基线调查我国结核病病人中耐多药率为8.32%，严重耐多药率为0.68%，估算我国每年新发耐多药肺结核患者12万。耐药或耐多药结核已经成为一种蓄势待发的流行病，是困扰结核病控制工作的一大难题，而且由于仪器设备以及经济等原因使得耐药或耐多药结核病的检查和治疗非常困难，更加重结核病防控的难度。
三.经济原因
尽管在我国已广泛开展了结核免费治疗，许多经济困难的患者得到了补助，但仍然有相当多的患者难以承受结核治疗的费用，尤其是偏远山区的农村患者，他们就医困难，而且长期服药，检查项目多，费用高，这些也是影响结核治疗的重要因素。
对于上述影响因素，应制定行之有效的方法来突破这些制约瓶颈。
1.加强对医务人员的培训，更好的掌握结核病的诊断与规范化治疗;加强结核病的归口管理。
2.大力开展卫生宣教，特别是患者和家属能够正确认识和对待结核病，不能随意停药或中断治疗。
3.规范治疗，尽量减少耐药的发生。医务人员在治疗前应详细评估患者情况，合理选择用药，最大限度减少药物副反应。患者一旦出现不良反应，应及时就诊，在医生指导下更换治疗。
4.开展耐药结核的检查，怀疑耐药时，尽快进行药敏试验的检测，并根据结果调整治疗法案。
5.加大对结核防治的投入，国家应提供安全、有效、副反应小而又价廉的药物。
