王志兴解释，棉花、辣椒、玉米、水稻等有不同颜色，是天然存在的遗传基因差异，并非转基因的结果。比如彩色棉花从古就有，但由于彩色棉花纤维短、强度差，过去很少种植，而现在因为不染色吸引了部分消费者，农民就开始种植了。彩色辣椒也是天然存在的，只是过去未大面积种植，普通消费者很少见到。
吴刚表示，以上这些瓜果蔬菜都是常规育种手段非常容易做到的，用转基因反而是不经济的做法。“常规育种主要通过选育获得具有新性状的新品种。这里面很重要的一个工作就是‘选’。自然发生的基因变异，往往也是随机发生的。”吴刚解释说，“无论大小、颜色，在自然界的自然突变体中，都可以找到。育种家做的工作仅仅是将这些突变体找到，并和其他好的性状聚合到一起，成为品种。”
吴刚介绍，番茄、甜椒、南瓜、黄瓜在国内外都曾有转基因研究并获得转基因植株，其中仅有番茄与甜椒获得过世界范围内商业化种植的批准。商业化种植过转基因番茄的国家有美国（6种）、墨西哥（3种）、日本（1种）、中国（1种，“华番一号”）等。
吴刚解释，早期没有延熟番茄，转基因的延熟番茄储藏期长是个优势。但随着科技的发展，育种家们获得了非转基因的延熟番茄，转基因番茄在储藏方面的优势不再，产量低就成为很大一个问题，又因皮厚口感差，直接被市场淘汰。
“自从1998年以来，全世界已经没有新的转基因番茄获准商品化种植。在我国，转基因番茄已经退出市场。”吴刚说。
