慎重使用抗生素。即使还没有完全证实使用兽用抗生素会在多大程度上导致人类耐药菌株的出现，但使用注射类产品与口服类产品相比，可导致更少的耐药微生物出现。
有针对性的治疗。治疗时的加药剂量变得更加复杂，肌肉注射会根据每头猪的体重而不是采食量或饮水量提供更加精确的剂量。
肌肉注射也有一些缺点：
工作量大。采取注射的方式需要大量的劳动力。
一致性。未能识别需要后续治疗的猪，将会对猪群的整体性或完成猪群整体治疗产生负面的影响。
对猪注射阿莫西林的优点和缺点
断针头。每次对猪进行注射时都会有将针头弄断在猪体内的一定风险，这将会降低胴体质量，最终导致利润受损。
二手针头。在许多地方，妥善处理用过的针头是一个问题。
