爸爸：高立人，清华大学教授
妈妈：张克群，著名的建筑学家，国家一级注册建筑师，著名建筑学家梁思成的学生
外舅公：施今墨，著名的中医临床家、教育家、改革家，北京四大名医之一。
舅舅：1953年毕业于清华大学无线电工程系。历任清华大学副教授、教授、无线电电子学系主任，电子物理与器件教材编委会第一、二届主任委员，高技术研究发展计划信息技术领域专家委员会首席专家。从事电子物理与器件学科的教学和研究工作。
1982年至1988年就读于北京四中，高晓松所在的A1班，则是四中容纳前50名的尖子班。；1988年考入清华大学电子工程系雷达专业本科；1991年从清华大学退学进入北京电影学院导演系研究生预备班学习电影。
