1999年中央工艺美术学院并入清华大学，更名为清华大学美术学院，张仃欣然复出，担任美术系第一工作室博士生导师。
张仃先生创作涉及广泛，善于驾驭多种绘画形式，亦擅漫画、壁画、邮票设计、年画、宣传画等。后其创作多以焦墨作山水，倚重传统笔法，吸取民间艺术养分，笔力遒强，构图豪放，画面空灵而有笔触，苍健却显腴润，内涵沉雄，风格朴拙而雄强，别树一帜；
焦墨在中国画领域曲高和寡，但张仃仍坚持用这局限性极大的墨法创作山水，并将其发展成一套完备的艺术语言，他的《房山十渡焦墨写生》等一系列作品，开创了中国山水画的崭新风格。
他曾负责设计动画片《哪吒闹海》，为首都机场创作巨幅壁画《哪吒闹海》；焦墨国画代表作品有《巨木赞》、《蜀江碧》等，出版有《张仃水墨山水写生》《张仃焦墨山水》《张仃漫画》等；张仃先生被称为20世纪中国的“大美术家”和20世纪中国美术的“立交桥”。
