2、运化功能失常
长时间、大量服用黄连还会导致拉肚子，影响到运化功能，从而会影响到食欲，导致消化不良。身体的运化功能是人身体健康的重中之重，运化功能失调便会导致吸收、传输生理机能的失调。
中医里讲食而能化，劳而不倦，元气充足，则人能延年益寿。脾胃纳亏，升降协调功能失常，故易出现食少，每食黏腻、肉荤，常有食滞不化，胀闷之感，大便溏泻或便秘，以及中气不足，导致内脏下垂等症象
3、损害自身组织
黄连有很好的杀病毒抗炎做用，对于患者有很好的治疗效果。但是，黄连这种药材在杀害病毒的同时，还会损害自身的“正常组织”与“蛋白质”。人的大脑、神经、皮肤 、肌肉、内脏、血液，甚至指甲、头发都是以蛋白质为主要成分构成的。
身体的发育成长、 成长后衰老组织的更新、损伤后组织的新生修补，蛋白质都是主要的成分。如果蛋白质严重受损，则大大影响到人体的正常生理功能。
4、腹痛、腹泻
黄连虽好，但不安规定长期、过量服用黄连，还会导致腹痛、腹泻等症状。长期以往，会破坏自身身体器官的健康与功能。严重的还会导致肠息肉、结肠病变等一系列需要手术才能治愈的病症。
黄连能长期服用吗
黄连阿胶鸡子黄汤
材料：鸡子黄2枚，黄连12克，黄芩3克，阿胶9克，白芍3克。
制作：先煮黄连、黄芩、白芍、加水8杯，浓煎至3杯，去渣后，加阿胶烊化，再加入鸡子黄，搅拌均匀。
服法：热滚，分3次服。
功效：清热育阴。适用于热邪入营、伤耗营阴心液、发热不已、心烦不得卧、舌红绛而干、脉细数。
宜忌：舌苔厚腻者忌服。
