吴奇隆与蔡少芬是在1999年因为合作演出《还我情心》互有好感，传出拍拖，后来拍摄《创世纪》陷入热恋，是备受看好的一对，不过，两人堪称苦命鸳鸯，先是吴奇隆发生父亲签赌六合彩负债事件，后来蔡少芬为母亲偿还巨额赌资的事件也曝光。当时吴奇隆为家人背负债项，蔡少芬也经历宣布与母亲脱离关系的风波，二人始终不离不弃，但最后因吴奇隆将事业发展基地移往内地，令沟通出现问题，最终分手。
这一段很多年前的三角恋情，据说是吴奇隆和金城武同时喜欢上了杨采妮，而杨采妮选择了吴奇隆，金城武远走日本。爱情的结局就像绯闻，吴奇隆当年始终承认，金城武才是他最好的圈内朋友，可是后来这事后，两人也没有合作，据传言，金城武当初主动退出，吴奇隆欠了兄弟情。而坊间更有传当年杨采妮因为前男友邱韶智而退出娱乐圈，当时正在台湾服兵役的吴奇隆亦难过了好一阵子。
徐克导演也曾爆料，拍摄《梁祝》期间，杨采妮及吴奇隆曾发展过一段地下情，他说：“我在现场所见，两人真的很有亲密磁场，收工了也粘在一起……他们两个谈恋爱挺好，因为是演《梁祝》嘛。”
但这对时代的金童玉女，最后也以分手收场。
2001年底，当时默默无名的马雅舒，与吴奇隆一起拍摄《萧十一郎》。等到戏拍完的时候，“萧十一郎”和“风四娘”的绯闻，已经轰轰烈烈地传开了。2002年春节，吴奇隆向公司请假，飞去云南探望马雅舒。他与蔡少芬分手的消息也在此时传出。当年2月，蔡少芬接受台湾媒体采访时称，今年的年三十晚以及情人节都要工作，并没与男友一起度过，未几，即坦承和吴奇隆和平分手。
马娅舒和吴奇隆结婚后，产生出轨迹象。马雅舒在2008年拍摄《军医》的时候，带了一名老外出现在拍摄现场，两人看起来很亲密。知情人士也透露，两人是在飞机上结识的，后就开始同居。该知情人士还透露，詹姆斯很爱马雅舒，为马雅舒离了婚。2009年，吴奇隆马雅舒正式离婚。2010年4月，马雅舒嫁给了那一位“对她很好”的外籍人士。
马娅舒和吴奇隆离婚后，遭骂声一片，因指其出轨才导致两人分手，并在离婚后带走吴奇隆大部分家产。对此，吴奇隆一向维护前妻，被外界称赞。
