健胃
菖蒲能刺激胃液分泌，并对制止胃肠的异常发酵有一定帮助，常配厚朴、陈皮等同用。此外，治疗噤口痢，用菖蒲解胸膈之热闭，开胸进食，也取其健胃理气作用，配参苓白术散。
通淋
取其有利尿作用，在治石淋或热淋的方剂中，可用作辅助。
明目
试治角膜溃疡，配枸杞子、菊花、琥珀等，有名目作用。
抗癌
本品煎剂体外实验有抗癌作用。
抗菌
高浓度浸出液对常见致病性皮肤真菌有抑制作用。
其它作用
挥发油对小白鼠有较强的降温作用。但不能对抗小鼠的扭体反应，提示它没有镇痛作用。对小自鼠的急性中毒主要症状为抽搐，外界刺激可诱发和加剧抽搐，最后死于强直性惊厥，说明中毒主要在兴奋脊髓。对某些真菌在试管内有抑制作用。菖蒲、艾叶、雄黄合剂可作烟熏消毒。石菖蒲煎剂在体外的筛选试验中，初步证明能杀死腹水癌细胞。
驱蚊蝇、虫蚁，净化空气
据说，在先秦时代，人们普遍认为五月是个毒月，五日是个恶日，人们在五月要禁欲、斋戒，在五日要插菖蒲、艾蒿以驱鬼，薰苍术、白芷和喝雄黄酒以避疫。
后来的人们插艾蒿和菖蒲也是为了防病。艾蒿，又名家艾，它的茎、叶都含有挥发性芳香油，所产生的奇特芳香，可以驱蚊蝇、虫蚁，净化空气。
菖蒲是多年生水生草本植物，它狭长的叶片也含有挥发性芳香油，是提神通窍、健骨消滞、杀虫灭菌的上等药物。人们在端午节这天洒扫庭院，插艾蒿，悬菖蒲，洒雄黄水，饮雄黄酒，也是为了激浊除腐，杀菌防病。
