⑹德钦白茫雪山(白马雪山)自然保护区：主要保护对象是生物林和珍稀动植物;
⑺高黎贡山自然保护区：主要保护对象是林区及珍稀动植物;
⑻哀牢山自然保护区：主要保护对象是原始亚热带中温性常绿阔叶林及珍稀动植物。
②省级自然保护区
⑴丽江玉龙雪山自然保护区：主要保护对象是现代海洋性湿冰川、高山森林植被及珍稀动植物;
⑵中甸哈巴雪山自然保护区：主要保护对象是雪山现代冰川、高山针叶林及珍稀动植物;
⑶中甸碧塔海自然保护区：主要保护对象是高山湖泊及珍稀动物;
⑷怒江自然保护区：主要保护对象是凉温性针叶林及珍稀动植物;
⑸宁蒗泸沽湖自然保护区：主要保护对象是高山针叶林、高原湖泊景观和裂腹鱼等珍稀动植物;
⑹云龙天池自然保护区：主要保护对象是高山浅水湖、云南松原始森林和滇金丝猴等一类保护动物;
⑺无量山自然保护区：主要保护对象是同地垂直带谱发育、地热、亚热带森林、珍稀动植物;
⑻永德大雪山自然保护区：主要保护对象是暖性和暖热性阔叶林及珍稀动植物;
⑼绿春黄连山自然保护区：主要保护对象是亚热带常绿阔叶林和珍稀动植物;
⑽金平五台山分水岭亚热带自然保护区：主要保护对象是阔叶林及珍稀动植物;
⑾景谷威远江自然保护区：主要保护对象是原始森林及珍稀动植物;
⑿老君山自然保护区(文山县、麻栗坡)：主要保护对象是南亚热带阔叶林及珍稀动植物;
⒀大围山自然保护区：(河口、屏边)主要保护对象是热、亚热带森林及珍稀动植物;
⒁苍源南滚河自然保护区：主要保护对象是热带雨林，是第一个以保护野生大象为主要目的的自然保护区;
⒂盈江铜壁关自然保护区：主要保护对象是多种原生植物珍稀动物;
③自然保护点(11)：纳帕海、三江口、海子坪、药山、驾山、普渡河、雕林山、小桥沟、莱阳河、龙山、十八连山。
