药物学及方剂学的发展
明代有大量本草学及方剂学著作，其中又以个人编著者占大多数。刊行数量远较先前历代为多，内容更丰富详细。
李时珍之《本草纲目》
中国本草学出现了一部具世界学术地位的专着，就是李时珍编辑的《本草纲目》。李时珍共撰写过17本着作，其中以《本草纲目》最闻名，它有下列几方面的成就：
* 总结16世纪以前我国的药物学内容;书内所载药物增至1500余种，并附药图1000幅，药方10000余个。
* 纠正了以往本草书中的某些错误;
* 提出了当时最先进的药物分类法;他按照"从贱至贵"的原则，即从无机到有机，从低等到高等。将药物分为16部，包括60类，有系统地记载了每种药物的知识。每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。
这本书不仅是药物学专着，还包括植物学、动物学、矿物学、化学等方面的知识。
《本草纲目》刊行后很快传入日本、朝鲜及越南等亚洲地区，在公元17、18世纪先后被翻译成多种欧洲语言。另一方面，李时珍是首位提出脑负责精神感觉、又发现胆结石病、利用冰替高热病人降温及发明消毒技术的医家。
《本草纲目》的十六部：
1. 水2. 火3. 土4. 金石(金属) 5. 草6. 谷7. 菜8. 果9. 木 10. 器物及服装11. 虫12. 水产13. 介壳类 14.鸟 15. 兽 (四腿动物) 16. 源于人类物质
方剂学
这时期在方剂学发展方面，对方剂的组成、药理、功效及用法都有所提高。有关的专书也明显增多。中国古代最大的一部方书就是产生于明代。
明初1406年，朱输、滕硕等编辑《普济方》。记录61739首处方，有239幅插图。书里广泛辑录历代各家方书、民间验方、单方。使明代以前的大部分方书内容得以保全，为后世研究中医药学提供了极丰富的资料。
