以考试形式来选拔合资格医师最早出现在汉朝。汉元帝在公元前43年要求所有侍候他的医务官员必须通过考核。但这个考试不一定建基于医学知识，而是以他们的行为是否达到"廉、信、礼、义"的规范为目标。
这与当时奉行儒家思想，有为而治的实施有关。
除了在朝廷有侍候皇室百官的医师之外，在军队及诸侯管辖地方也有医官。当时疫病非常流行，朝廷会遣派官员巡视，赐医药救灾。
《神农本草经》
《神农本草经》是汉代的重要著作，中国处于农业社会，是以产生治病的本草记录，并以植物 为主。此书是后人托名"神农"之作，成书时间不详，估计约在公元前1或2世纪，是中国最早期的完整中药学文献。
此书记录了365种中药，内容包括252种植物类，67种动物类和46种矿物类。其次根据药物的效能和使用目的，分为上、中、下三品。上品药120种多属滋补养生类，没有毒性或毒性小，可长期服用，例如人参。
中品药120种多属补养兼有预防作用，某些含毒性，例如当归及麻黄有时会产生毒性反应，须由医师处方用药。下品药125种，一般具有毒性，是专用于治疗的药物。例如植物类巴豆，用于通便、消水肿及去痰。
汉代名医
汉代冒出很多名医，仓公淳于意(公元前215 ~ 167年)是首位保存病人记录的医师;汉和帝时的太医丞郭玉及汉哀帝时的伍宏都是公元一世纪时期的名医，针灸医术高明。
《伤寒杂病论》
张仲景 又名张机 (公元150 ~ 219年)，汉末时期人，博览群书，潜修道术，一时称为良医(后世称为"医圣")。写成医学名著《伤寒杂病论》，确立了辨证论治的原则，即奠定了中医治疗的基础。
他首创以太阳、少阳、阳明、太阴、少阴及厥阴等六经辨证论治的原则及方法。是中国最早的理论结合临床诊疗专书。之后在宋朝(公元960 ~ 1279年)，此书再次被编写，并分为《伤寒论》及《金匮要略》两册。
华陀
华佗(公元141~208) 与张仲景同期，他四出游历为百姓治病，并学习当地医师们的医术。华佗精于外科手术，善用麻醉药物。华佗将「麻沸散」溶入发酵饮品中，在手术前给病人服用，这是一种麻醉剂，后来相信是大麻之类的草药，当时没有记录。
除此之外，华佗更提倡体育疗法(中医称为导引病)，创作"五禽之戏"，模仿虎、鹿、熊、猿及鸟的动作姿态，从而达到保健强身的目标。华佗有弟子吴普、樊阿二人，都是三国时期的名医。
吴普依据华佗导引之术活到90岁，并且耳聪目明，牙齿完整。樊阿精于针刺术，将针刺方法引伸至背部及胸部应用。华佗的著作早已失去，之后由于宗教信仰及制度问题，外科手术不能进一步发展。
华佗"五禽之戏"的五种姿态
董奉在汉末献帝时，是一位名医，医术精湛。
公元184年，黄巾起义并成功将汉室灭亡。各地势力强大的军人掌权，最后大约于公元三世纪形成了三国鼎立的局面。三国的政治家曹操，常召华佗医治他的偏头痛，及后因故曹操将华佗处死。
