中药现代化发展还存在一些瓶颈问题。比如科技方面，能力、水平还不够；产业方面，规模、份额还偏小；服务方面，范围、质量还需提升。总体来说，还不能满足老中医、老百姓的要求，还不能满足产业发展的需要。
新时期中药现代化发展，从战略需求来看，破解诸多疾病防治的难题，解决我国广大民众“看病难，看病贵”的问题，需要充分发挥中医药的医疗保健作用；实现我国医药产业结构调整，需要大力发展中药产业；建设创新型国家，实现中华民族伟大复兴，需要中国在科技创新方面有所突破并对世界有所贡献。从战略目标来说，要巩固和加强我国在传统医药领域的优势地位；要突破创新发展的关键问题，争取成为中国科技走向世界的突破口之一；要促进东西方医学优势互补、相互融合；要应用全球科技资源推进中医药国际化进程。发展中药现代化要理清发展瓶颈，进一步加强顶层设计；创新组织模式，进一步加强优势集成；突出企业主体，进一步加强产业培育。
中药发展“十二五”的重点任务，一是中药材规范化种植、养殖及综合开发，二是基于生物、化学、信息等多学科技术集成的中药现代化发展关键技术研究，三是“重大新药创制”的中药重大专项。因此，下阶段工作，要进一步梳理 “九五”以来的中药现代化研究成果，进一步明确关键科学问题、技术瓶颈，进一步深化中药现代化发展战略部署和技术路线。
