贮藏中药材一定要与其他树木、蔬菜、粮食和草种分开存放，避免混杂。在贮存前，要彻底清除其杂草和泥土等杂质。贮存房间要进行常规消毒，严防药种受到污染。
控制好水分。含油类多的药材种子水分要控制在8~9％，一般种子水分应控制在12~13％，因为水分过高种子容易霉变。
贮藏中药材种子的环境最佳温度应控制在10℃左右，温度过高，种子呼吸旺盛，将消耗自身贮藏的营养，降低发芽率。
用砖木垫高，在离地50厘米以上的地方贮藏中药种子，不可直接把中药种子放在地面上，以免受潮而影响发芽率。贮藏室要注意通风换气。
千万不要用塑料袋密封中药材种子。因为塑料不透气，种子被迫进行无氧呼吸，会产生酒精和有机酸等有毒物质 ，失去发芽率。
不要把中药材种子与农药、化肥一齐存放，不可受到烟气熏蒸。
