以种子繁殖为主，通常先播种育苗再行移栽，亦可分株繁殖。
1、采种与种子贮藏
选用移栽3～4年以后结的种子质量最好。当蓇葖果变为黄绿色时，应及时采收，避免日晒，干后，搓打出种子。黄连种子属胚后熟类型，需经历形态后熟与生理后熟两个阶段。促成种胚发育的温度条件在5～20℃为适宜，种子采收后如放在冰箱(5～10℃)内层积，可在6～9月内完成形态后熟。完成形态后熟的种子，还必须在0～5℃低温下1～3个月完成生理后熟。完成生理后熟的种子，于翌年春播种整齐出苗。因此，黄连种子需要经过一个低温阶段才能打破其休眠而发芽，在生产中种子脱粒后立即进行湿沙层积处理，置于低温条件下贮藏，才能完成胚后熟阶段。
2、播种育苗
最好整成宽130～150cm，高15cm的高畦，长10～15m为宜，四周开排水沟。每畦间沟宽40cm，深15cm。于10～11月份用经过贮藏的种子播种，由于种子细小，需用种子体积20～30倍的细腐殖质土与种子拌和均匀、撒播于畦面，然后盖0.5～lcm厚干细腐熟牛马粪一层。播种后一般于翌年2月份出苗。每667平方米播种2.5～3kg，可育成45万～46万株苗。第二年春移栽定植，按行株距10cm×l0cm，一般每667平方米栽苗6万株左右。黄连移栽前，用5～10μl/L2，4-D溶液浸根12h，可提早20天以上生根，且根系增长速度快。
3、分株繁殖
3～4年生的植株，可进行分株，选留根茎长0.5～1cm的连苗作分株苗，栽后当年就有70％植株开花结籽。分株繁殖，有生长快、质量好的优点。
