净选指中药材在切制、炮炙或调配、制剂前，均应选取规定的药用部分，除去非药用部分、杂质及霉变品、虫蛀品等，使其达到药用的净度标准。
1.清除杂质的方法有四种：挑选、筛选、风选、水选等。
2.分离和清除非药用部位：首先搞清要分离不同药用部位的有——莲子心（胚芽）清心火，莲子肉补脾涩精；麻黄根止汗，麻黄草质茎发汗；如白扁豆分离种皮和种仁。白首乌、苦楝根、雷公藤的外皮有毒副作用也应除去。毛能刺激咽喉引起咳嗽，故应除去以消除副作用。去毛方法有鹿茸燎去毛茸；枇杷叶、石韦刷去毛；骨碎补、狗脊、马钱子用砂炒法烫去毛；金樱子挖净毛和核；香附撞去毛。其他操作多为去除非药用部位，以洁净药物，调配时剂量准确。要知道应去除的部位及适用的药物，以备选择。如用茎部分的药物一般须除去主根、支根、须根等，例石斛、芦根、藕节等。用根部的药物往往须除去残茎，如龙胆、丹参、威灵仙、防风。牡丹皮、地骨皮、巴戟天、五加皮应去木质心。乌梅、山楂，山茱萸等去核取肉。枳壳去瓤。
3.其他加工应了解方法及适用药物。
碾捣：如矿物药自然铜、赭石、龙骨、阳起石，动物甲壳龟甲、牡蛎、瓦楞子，植物药芥子、韭菜子、木鳖子等。制绒：如麻黄制绒，艾叶制绒。拌衣：如朱砂拌茯神、茯苓、远志，以增强宁心安神作用。青黛拌灯心草有清热凉肝的作用。
