在药田中科学施用粪尿肥，能提高药材的抗病能力，降低硝酸盐含量，改善药材的质量。但值得注意的是，如果直接在药材植株上浇施粪尿肥，也会污染药材，产生病菌传播。因此，施用粪尿肥要得法。
施用前的处理。为了有效地杀灭粪尿肥中的寄生虫卵和传染性病菌，必须在施用前进行无害化处理。通常可采用高温堆肥法和粪池密闭法。也可采用毒物处理法，即利用对寄生虫及病菌有毒的物质处理粪尿肥，如每100公斤粪肥中加福尔马林200毫升，封存1天或加50%敌百虫片2克封存2天，也可加尿素1公斤封存3天。有条件的地方可将积肥与沼气发酵相结合，最好施用经过转化后的有机肥、沼渣。
采用沟、穴施肥。根据药材植株大小、土壤湿润状况，施用腐熟的粪尿肥时需要对水稀释，开沟或挖穴浇施，覆盖泥土，防止肥料流失，提高粪尿肥的利用率。在药材幼苗期追施粪尿肥，浓度要稀，用量要少，避免烧坏幼苗。此外，人尿中含有较高的食盐，对忌氯药材，如姜科的黄姜、沙姜、砂仁等不宜施用，以免影响产品质量。
忌用污水稀释肥。污水中含有大量病菌、虫卵、毒物和重金属离子，容易诱发病虫害，造成土壤污染，甚至影响后季作物。因此，不论是工业污水还是生活污水，凡未经无害化处理，都不能用作药材地灌概及肥料对水。
