1、起麻后，麻种在室内斜光下晾36个小时。最好用小毛刷轻轻把种体上的大沙粒刷掉，以防损伤麻体。如麻种不经过晾晒，马上装筐，加之里面混有腐烂麻、破损麻，且用湿木屑作填充料，造成筐内湿度大、温度大、不通风，将天麻种大量（80%-90%）腐烂发霉。尤其是外皮碰伤的种，造成杂菌感染的机会比较多。
2、精心包装。最好选用竹筐和木箱包装。木箱板与板之间不要钉得太严，必要时箱底板和侧板钻些通气孔。因为天麻种皮很嫩，一不小心就易碰伤，所以要精心包装。装麻前要检查箱、筐的内侧有无毛刺，有毛刺要及时除掉，防止扎坏麻种。包装要松紧适度，防止天麻因松动产生摩擦或互相碰撞。装筐时，先在筐的四周垫上1-2层包装纸，在纸上单摆一层天麻，麻上再铺一层纸，再摆麻，就这样一层纸一层天麻，直至装满，上面盖纸封盖。小麻种应放在上层。用这种包装法托运或随身携带，经过3-4天的旅行，天麻的完好率在90%以上。
也可用菁苔（苔鲜）作填充物，一层青苔一层麻种（麻种不用晾晒），直至放满筐，做到不松动，运回的天麻种完好率在90%左右。但这种麻种如果不马上栽培，贮存的温度超过10℃，烂麻比较严重。
3、防冻。如果天麻种从陕西汉中一带运往辽宁、吉林、黑龙江等地，要注意防止冻害。在陕西汉中地区，若每年的霜降（10月24日）前后起麻，运输到北方目的地要到10月末或11月初旬，如果包装筐或包装箱没有防寒措施时，在筐或箱的四周加铺5层厚的包装纸。
4、要轻拿轻放，马车、汽车要运行平稳，防止较大的振动，以防损伤麻种。
5、尽量缩短运输时间。
6、在运输途中，麻筐或箱要放在凉爽通风的地方，防止在闷热或太阳暴晒之处久放。
