大约在17世纪初，帕姆竹王朝被嘎玛敦回旺布所推翻，曲引多吉另建政权，称为嘎玛王朝；这个王朝的统治者信奉白教，对黄教进行压制，因此，教派的矛盾极为激烈尖锐。终于，五世达赖阿旺洛桑嘉措和四世班禅洛桑曲言坚赞联合迎请蒙古部信奉黄教的固始汗出兵相助，消灭了嘎玛王朝，嘎玛王朝前后只存在23年，所以其医学方面也很难出现什么突出的成就。但值得一提的是这个时期在日喀则地区创办了一个讲授医学的机构，不久，这种机构正式在日喀则改造成学校。
嘎玛王朝灭亡后，阿旺洛桑嘉措起而代之，建都拉萨，是为甘丹颇章王朝。洛桑嘉措在公元1653年接受了清王朝的封号，称为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦喇怛喇达赖喇嘛”。
五世达赖阿旺洛桑嘉措是一个较有作为的统治人物，在政治上他励精图治，取得政局的稳定。在文化上他鼓励发展各门科学，尤其是医学。他本人对医学就很感兴趣，曾经请当时的贤者查仓巴传授医疗经验，听取关于《四部医典》的讲述，包括《甘露瓶》、《千万舍利》，在医学上很有一些作为。
五世达赖在位时，又设立了“第巴”的职位。在藏语中，意为执事官，相当于现时的“总理”职务，总揽全藏的一切大权。在五世达赖喇嘛的第巴桑吉嘉措当政时期，对医学给予了特殊的关注，在包括医学在内的自然科学方面，作出了突出的成绩，为繁荣藏医学事业，做出很大的贡献。
桑吉嘉措从四、五岁开始就学习文化，8岁时从阿旺洛桑嘉措处聆听显密宗佛学，24岁开始任五世达赖的第巴。他在五世达赖的支持下，对包括医学在内的各门科学做出了伟大的贡献。
