针灸理论在继续发展。晋朝时皇甫谧类集黄帝三经——《灵枢》、《素问》、《黄帝明堂经》而编成《针灸甲乙经》，成为最早的针灸学专著，也成为黄帝针派之正脉。另一方面，针灸名医诸家也不断总结前人和自己的临证经验，新的“明堂”著作（如《扁鹊针灸经》、《华佗针灸经》、《龙衔素针经》、《金腾灸经》、《释僧匡针灸经》等）不断问世。这些腧穴著作在定位、归经、主治以及刺灸方法上均有不同特点而各自成一家之言。
针灸治疗方面，有倡导“针不可灸”、“针灸并用”，更有“针可以杀生人，不可起死人”而弃针言灸者。就针刺而言，又有“火针”与“白针”并举，“气针”与“血针”并重；而灸疗方面，则出现了隔蒜、隔盐等多种隔物灸，灸法得到很大地发展；另外，这一时期，在某些专病如痨病、黄病、癫狂的针灸治疗上有较大进展，出现了针灸治疗专病的专书或专篇。
