水芹菜的功效，在历代的中医药著作中都有明确的记载。《神农本草经》中记载水芹有“止血养精，保血脉，益气，令人肥健嗜食。”对于经期血量比较多的女性和容易遗精的男性，应该适量多吃点水芹。《食经》中记载水芹有“利小便，除水胀”的功效，对于小便不畅，水肿患者，水芹也是一剂良药。《本草纲目拾遗》中记载：“茎叶捣绞取汁，去大人酒后热毒、鼻塞、身热，利大小肠。”经常应酬的人，喝醉了容易诱发酒后的热毒，这种状况可以考虑食用水芹菜。
如有发烧、流涕、有痰等风热类症状，也可以选择吃些水芹。《本草再新》中记载水芹菜能“除烦解热，化痰下气，治血分，消瘰疬结核。”这里的瘰疬类似于西医的颈部淋巴结结核。有胃热，口齿不好的也可以吃些水芹，《随息居饮食谱》中记载水芹有“清胃涤热，祛风，利口齿咽喉头目”的功效。如果是风湿神经痛的患者，也不妨吃些水芹，《贵州民间方药集》中写到：“治风湿神经疼痛。”但是，《本草汇言》里面提醒大家，脾胃虚弱，中焦虚寒者要少吃水芹，此外，还要辨证服用水芹。
