疫苗接种，不可避免的会引起一些副作用，但在考虑利多于弊的情况下，还是值得广泛实施疫苗接种。在某些特殊情形下，接种疫苗反而使得弊多于利，或者疫苗会失去效力。此时就不必冒著引发副作用的危险勉强注射，这些就是疫苗接种的禁忌。无论是接种那一种疫苗，都有以下三个共同的禁忌：
发烧或其他需要特殊治疗的疾病
主要是担心疫苗的不适反应，可能会影响以后对病情的判断。假设一个小孩原本因感冒发烧到三十八度半，接种疫苗以后，晚上若烧到四十度，就难以判断这是单纯的疫苗反应呢？或是病情已经恶化，需要作进一步的处理。至于一般没有发烧的感冒，仍然可以接种疫苗。至于一些病程较久的疾病，例如急性细支气管炎，小孩子可能会咳上数个月，等观察一阵子，没有问题以后，就可以接种疫苗。至于所谓其他需要特殊治疗的疾病，并没有明显的定义。一般来说，指的是需要到住院治疗的特殊病症，此时不打疫苗，也同样是怕混淆了病情的判断。
对于同样疫苗曾有过严重反应
所谓的严重反应，指的是可能危及生命，或者会引起永久性后遗症的反应，例如过敏性休克，这其中以百日咳疫苗的副作用特别常见。
未接受过治疗的结核病患者
结核病特别会影响到细胞性免疫功能，所以若未经治疗时，不适于接种任何疫苗。
