目前有三类人群明确被禁止接种疫苗:
首先是3岁以下儿童，目前我国批准使用的甲型H1N1流感疫苗适用于3岁以上人群，只在3岁以上人群中开展了临床试验，还没有3岁以下儿童接种甲型H1N1流感疫苗安全性和有效性的数据，因此3岁以下的儿童目前不可以接种。
甲型H1N1流感疫苗是否在幼儿园儿童中接种？对此卫生部表示，将综合考虑疫情流行情况、疫苗供应量、儿童年龄(3岁以上儿童可以接种)等多项因素，由省级卫生行政部门决定。
第二，甲型H1N1流感疫苗的禁忌证为患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期，因此如肾病综合征患者处于急性发作期或者程度较严重则应禁止接种。
第三，普通的季节性流感疫苗和甲型H1N1流感疫苗的制作工艺基本相同，因此对普通季节性流感疫苗过敏的人不能接种甲型H1N1流感疫苗；有鸡蛋过敏史、接种疫苗过敏史及其他严重过敏史的受种者禁止接种甲型H1N1流感疫苗，有其他过敏史者应在临床医生的指导下慎重决定是否接种甲型H1N1流感疫苗。
