3岁以下儿童是甲型H1N1流感的高危易感人群，为有效保护这一人群健康，卫生部根据我国该年龄组甲型H1N1流感疫苗临床试验安全性结果，参考前期3-11岁年龄甲型H1N1流感疫苗临床试验结果及其他国家6-35月龄儿童甲型H1N1流感疫苗应用情况，就6-35月龄儿童接种甲型H1N1流感疫苗提出了指导意见。
卫生部建议，3岁以内儿童采用7.5μg、2剂次免疫程序，2剂次间隔21天至28天。根据目前我国甲型H1N1流感疫苗的包装规格，15μg/0.5mL包装的疫苗只能用于1剂次(7.5μg/0.25mL)接种，30μg/1mL包装疫苗可用于3剂次(每剂次7.5μg/0.25mL)接种，剩余部分不得使用。
卫生部要求，各级疾病预防控制中心要加强6-35月龄儿童接种甲型H1N1流感疫苗后相关安全性资料的收集与分析，开展安全性监测与评价。
经卫生部和国家食品药品监督管理局批准，2009年12月初开始，我国先后组织北京科兴、浙江天元和上海生物制品研究所3家疫苗生产企业陆续在广西、江苏和湖南3省区疫苗临床试验基地展开6-35月龄儿童甲型H1N1流感疫苗临床试验。卫生部于2009年12月25日发布消息称，我国已完成6-35月龄儿童甲流疫苗临床试验受试者招募及首针疫苗的接种工作，未发现严重不良反应。
