1 .抗核抗体(ANA )
抗核抗体经常用作自身免疫性疾病的筛选试验。 没有特异性。
2 .抗双链DNA抗体(dsDNA )
抗双链DNA的效价与病情活动度密切相关，作为系统性红斑狼疮的诊断和疗效观察的一个指标。
3 .抗萃取性核抗原抗体(ENA )
现在，这个项目包括Sm、nRNP、SS-A、SS-B、SCL-70、Jo-1和r-RNP七种抗体。 抗Sm抗体是系统性红斑狼疮的标记抗体，但阳性率为20%~40%。 抗nRNP抗体见于许多风湿性疾病患者，混合性结缔组织病患者U1-nRNP的阳性率通常达到95%~100%，滴度较高。 抗SS-A抗体见于许多自身免疫性疾病。 抗SS-B抗体仅见于女性(29U1)干燥综合征患者(40%~80% )和系统性红斑狼疮(10%~20% )患者，多与抗SS-A抗体同时出现。 抗SCL-70抗体是进行性系统性硬化症(弥漫性)的标志性抗体，阳性率为25%~75%。 抗jo1抗体在多发性肌炎患者中的阳性率为25%~35%，多与肺间质纤维化有关。 皮肌炎患者的阳性率为7.1%。 抗RNP抗体是系统性红斑狼疮的特异性抗体，与系统性红斑狼疮的神经和精神症状有关，抗体的滴度与疾病的活动性无关。
4 .抗中性粒细胞细胞质抗体(ANCA )
抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA )主要用于Wegener(WG )肉芽肿和小血管炎的诊断。 间接免疫荧光法主要分为核周型ANCA(pANCA )和胞浆型ANCA(cANCA )，两者对应的靶抗原主要是髓过氧化物酶(MPO )和蛋白酶3(PR3 )。 另外，不是MPO靶抗原的pANCA见于溃疡性结肠炎、型自身免疫性肝炎等。
5 .抗角蛋白抗体(AKA )、抗瓜氨酸抗体(CCP )
两者主要用于类风湿性关节炎的早期诊断。
6 .抗着丝点抗体(ACA )
抗丝点抗体(ACA )对进行性系统性硬化局限型的CREST综合征具有很高的特异性，阳性率达90%，其他结缔组织病很少见。
7 .炎症性肠病4项
目前，该项目包括抗中性粒细胞胞浆抗体、抗小肠杯状细胞抗体、抗胰腺腺泡细胞抗体、抗酿酒酵母抗体4个。 主要用于溃疡性结肠炎和克罗恩病的辅助诊断。
8 .免疫肝病7个项目
目前，该项目包括抗核抗体、线粒体抗体、线粒体抗体M2亚型、心肌抗体、平滑肌抗体、胃壁细胞抗体、抗肝肾微粒体抗体7个。 主要用于自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化等的诊断。
9 .抗脑组织抗体
主要用于副肿瘤综合征的诊断。
10 .抗心磷脂抗体(ACL )、抗2-糖蛋白1抗体(2-GP1 )
两者主要用于抗磷脂综合征的辅助诊断。
