免疫失衡，机体对自身产生充分的免疫应答，由此产生的疾病状态称为自身免疫性疾病，自身免疫性疾病是工业化国家带来仅次于癌症和心脏病的高发病率和死亡率的第三大原因。 自身免疫性疾病的临床特征：患者血清中存在多种自身抗体或自身反应性致敏淋巴细胞自身免疫应答引起的组织损伤或功能障碍病情转归与自身免疫应答强度密切相关经常反复发作，慢性迁延。 许多病因不明患者以女性居多。 有遗传倾向。
一、获得免疫： Thl和Th2系统
免疫系统整体功能调控的核心是辅助性t细胞(CD4 )，它们不发挥直接免疫作用，但比直接运动的CD8 T细胞、b细胞、单核巨噬细胞等免疫细胞地位高得多。 CD4亚群th细胞根据自身分泌的细胞因子，分为Thl和Th2两个亚群。
Thl细胞主要通过细胞免疫反应，分泌IL-2、干扰素-(IFN-)、肿瘤坏死因子-(TNF-)等细胞因子，对抗感染免疫、诱发器官特异性自身免疫病、器官移植排斥反应发挥重要的免疫调节作用直接攻击病原体或让其他细胞攻击病原体。 即使这些病原体已经进入感染的细胞，它们依然受到攻击。
Th2细胞主要以体液免疫反应为媒介，主要分泌IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-13等细胞因子。 Th2免疫细胞也攻击病原体，但用不同的方法进行。 Th2细胞不进入感染的细胞，通过生成信息使其他免疫细胞产生抗体，然后通过这些抗体攻击病原菌、病毒、过敏原等入侵物质。 Th 2细胞一方面抑制Thl细胞的分化和功能，抑制CD8 T细胞、单核巨噬细胞等免疫相关细胞的功能，另一方面促进b细胞的形成、分化、成熟、浆细胞化、抗原识别、亲和力、分类转换等。 如果没有Th2细胞，b细胞空闲的话，可以说体液免疫的功能稍微减弱了。 Th2细胞在诱发延迟型过敏反应方面起着决定性的作用。
Thl细胞与Th2细胞相反，Thl细胞促进细胞免疫抑制体液免疫，Th2细胞促进体液免疫，抑制细胞免疫。 t细胞在分化过程中分化为Th1、Th2、Th17、t调节细胞，这些细胞相互平衡地发挥作用，在他们之间通过细胞因子，被抑制在相互平衡的状态。
二、免疫性疾病的发生机制： Thl/Th2系统不平衡
他说，Thl和Th 2系统处于平衡状态，如果这种平衡被破坏，就会导致免疫性疾病的发生和发展。 不同的优势系统分别应对不同的疾病。 Th 1通过细胞免疫反应，巨噬细胞和中性粒细胞被激活。 Thl的优势可引起类风湿性关节炎、多发性硬化症、甲状腺炎、莱姆关节炎、克罗恩病、1型糖尿病等自身免疫性疾病。 Th2以体液免疫反应为媒介，激活肥胖细胞，使IgE/IgG上升。 Th2占优势会引起过敏性疾病、哮喘、皮炎、硬皮病、溃疡性结肠炎、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病。
通常，Thl和Th2系统应该处于平衡状态。 但是，现在人由于环境的变化，经常处于两者不平衡的状态。 在我们祖先生存的环境中，寄生虫和病菌这样的病原体刺激着Thl系统，但我们现在居住的环境太清洁了，对Thl系统的刺激大幅度减少，引起了两者的不平衡状态。 新生儿免疫系统不成熟，偏向Th2型占优势。 这需要适当的病原体来刺激Thl系统，使Thl和Th2系统完全发育，达到平衡状态。 我们现在的生活环境中，Th2细胞增加，压力过大，酵母菌增殖，毒素露出过多等，有很多Th2系统占优势的因素。 治疗这种患者的关键是重建Thl/Th2系统平衡。 帮助Th2细胞增加患者的一个原则是保护Th2细胞免受过度兴奋的毒素、刺激物质和过敏物质。 利用益生菌可以恢复机体的免疫功能平衡，可以提高抑制性t细胞耐药的一些种类的乳酸菌可以产生IL-10，发挥监督管理淋巴细胞那样的免疫调节和抗炎作用。
三、自身免疫性疾病的共同发病特征
1 .遗传倾向，基因敏感性。
2 .环境共性，环境毒素暴露。
3 .肠道通透性增加，肠道屏障功能破坏，发生肠漏，免疫连接长期过度激活，肠道机械屏障与肠道相关淋巴组织和神经内分泌一起，控制着非自身抗原的免疫耐受和免疫应答的平衡。 如果由于精细的运输功能失调，大分子物质进入机体，作为抗原激活免疫系统，破坏免疫平衡，使机体的免疫应答处于高活性状态，基因敏感性的个体就会导致肠道和肠外的自身免疫系统疾病(如过敏性、关节炎、慢性皮肤病等) 肠道通透性增加，肠漏的发生是早期生物学变化，总是在自身免疫性疾病发生之前出现，这种通透性增加可能是环境因素(如感染、毒素等)引起的，也可能是疾病引起的。
自身免疫性疾病是可以预防的，如果在基因和环境的相互作用诱发疾病发生之前肠道屏障功能重建，就可以阻止自身免疫过程的发生，预防自身免疫病的发生。 肠道通透性的改善也延缓了自身免疫性疾病的进展。
如果自身抗体高但临床上没有症状，可以采用健康的生活方式、合理的抗炎饮食、栽培益生菌和补充医疗营养素来修复肠道屏障功能，改善肠道健康，降低抗体，阻止自身免疫病的发生。
4 .自身免疫性疾病的环境因素
(1)微生物感染：近年来，根据流行病学资料，部分微生物感染时或感染后自身免疫性疾病的发病率在上升。
(2)维生素d与自身免疫性疾病的关系：自身免疫性疾病患病率高的地区表示环境危险因素之一是太阳光照射不足。 维生素d的摄取和晒干时间与自身免疫性疾病的患病率成反比。
维生素d可以抑制抗原呈递细胞的成熟和功能，抑制致病性t细胞的成熟和功能，刺激监督管理t细胞保持宽容，从而调节免疫系统的功能。 因此，对自身免疫性疾病有防治作用。 维生素d可以在刺激炎症细胞凋亡的同时抑制炎症细胞的补充，从而降低炎症水平。
维生素d已经被用于防治自身免疫性疾病。
(3)药物和吸烟：有些药物诱发自身免疫性疾病，停药后病情有所缓解。 同样吸烟会引起自身免疫性疾病，所以这种患者一定要戒烟。
(4)身体和心理压力：压力会导致自身免疫性疾病的发生。 一个人压力大，他的自身免疫性疾病一定会加重。 80%以上的患者说生病前有压力。 压力说会引起自身免疫性疾病，但这种病又引起很大的压力。
(五)饮食。
1 )高剂量长链3脂肪酸有广泛的免疫抑制作用，应归类为天然免疫抑制剂。
2 )自身免疫性疾病乳糜泻(面筋过敏)的患病率与接触面筋的持续时间相关。
3 )越来越多的证据表明肠道屏障功能丧失、肠漏的出现是自身免疫病最常见的原因。 食物不耐麸过敏可能是引起其他自身免疫性疾病的重要发病因素。
为什么一个红斑狼疮患者的症状和生命体征与其他患者不同？ 为什么自身免疫病的症状越来越多样化？ 为什么同一个家庭有不同的自身免疫病呢？ 一个患者得了自身免疫病后，为什么容易得另一种自身免疫病呢？基因的不同、免疫反应的不同、内分泌系统的不同、接触的环境的不同，这些所有因素加起来才发生一种疾病，这些因素的不同相互关系导致疾病的多样化
功能医学认为，自身免疫不是无法控制的，而是在理解基因与环境的关系后，通过干预可以逆转。
