肠屏障的第一部分被称为粘液层，该层厚的消化道粘液由杯状细胞分泌，杯状细胞规则分布于肠道上皮层。 这个粘液层在肠内和体内之间形成物理屏障。 肠上皮细胞面向肠内环境的细胞膜形成被称为微绒毛的突起结构，该层连续的微绒毛被称为刷状缘，肠上皮细胞本身形成屏障的下一层，但吸收营养是该屏障的两个主要功能之一。 因此，这个屏障不是不能渗透的，如果病原体和其他物质透过，单一或一组肠上皮细胞损伤，或者这些细胞之间形成的粘附被破坏，就会发生肠病
这时，首先形成细孔，肠内内容物的一部分通过这些孔漏出到血液、淋巴系统、以及最重要的肠道常驻免疫细胞群。 泄漏的不是食品残渣，而是病原体的组合：不完全消化蛋白、肠内应该残留的有益细菌或细菌碎片、感染性微生物(如果存在肠道)、通常身体应该排出的各种有毒物质或废弃物，这些病原体通过这些孔身体肠道常驻免疫细胞从认为是外来入侵者而反应的肠道相关淋巴组织中招募更多的免疫细胞：大量病原体泄露后，身体其他器官，特别是肝脏也参与，这个过程引起全身炎症反应，使免疫系统过度旋转：渗漏物的种类和数量是这种免疫
其他物质(如未完全消化的蛋白质)刺激适应性免疫系统，以各种方法反应，引起过敏和自身免疫性疾病等问题。 当b细胞分泌IgE抗体(该抗体以特定食物来源的特定蛋白质为目标)时，会发生过敏反应，例如牛奶中的酪蛋白抗体引起的牛奶过敏。 b细胞分泌IgA、IgD、IgM、IgG抗体时，会产生同样的免疫反应。 这个免疫反应在学术上被认为是食物无法忍受(不是过敏)，是引起过敏反应的症状，和不起因于疼痛、疲劳、湿疹等过敏的症状。
在这个反应中产生的抗体中，可能是自身抗体。 细胞因子也被刺激释放，先天性免疫系统和适应性免疫系统开始进一步募集细胞。 这成为了自身免疫性疾病拼图的最后一块。
肠漏症为身体提供触发因子，产生自身抗体，对适应性免疫系统给予额外的刺激，使其攻击自身。 这是自身免疫性疾病的三个必须成分中的两个(剩下的一个是遗传敏感性)。
