患者在做胃肠镜检查之前，不用过于紧张，放松心情就好。做胃镜检查前，禁用降糖药，做到检查前8小时禁食、前4小时禁饮水即可。做肠镜检查前一天进食半流质食物（粥、面，不吃菜），检查前一晚开始服用“和爽”清肠剂，检查当日禁食早餐。
某些基础疾病的患者，不适合进行胃肠镜检查，例如患有严重心肺疾病，无法耐受内镜检查患者；出现休克或消化道穿孔等危重患者；患有精神疾病，不能配合内镜检查者；有消化道急性炎症，尤其是腐蚀性炎症患者；胸腹主动脉瘤患者；脑卒中患者。
此外，还有一些病症也会影响胃肠镜的检查，包括心肺功能不全；消化道出血；血压波动较大或不稳定；严重高血压；严重出血倾向，血红蛋白低于50g/L或PT延长超过1.5秒以上；高度脊柱畸形；消化道巨大憩室等。
