药物流产并非毫无风险，有严格的适应症和禁忌症。一般在停经
天之内，尿妊娠试验阳性、要求终止妊娠的女性，在采用药物流产前必须接受
超检查，确诊是宫内妊娠并了解胎囊的位置和大小后才能决定是否行药物流产，如果胎囊在子宫的宫角部或在接近子宫颈的部位不能接受药物流产，容易发生大出血危及生命。
还有一些女性也不能选择药物流产。如年龄过小（小于
岁）或年龄过大（大于
岁）；有严重的月经不调症状；有心脏病、肝炎、内分泌疾病、血液系统疾病、消化道溃疡、哮喘及青光眼者；有卵巢囊肿及妇科肿瘤者；带环妊娠者；既往有药物流产失败史或者药物流产后阴道出血时间长等不能选择药物流产。
此外，近期做过人工流产手术或子宫有手术瘢痕者；妊娠后使用黄体酮等保胎药者也应慎重选择药物流产，这些因素都容易增加药物流产的失败率，造成再次清宫手术。还有一些早孕女性在服用药物后会有明显的不良反应出现，此时应立即停药，以避免药物造成进一步的影响。
