电动牙刷并不能完全代替手动牙刷，平时最好还是以手动刷牙为主，在清洁深处的牙齿时，可以使用电动牙刷作为辅助。电动牙刷使用不当反而伤牙虽然电动牙刷方便，又能清洁口腔中普通牙刷所顾及不到的地方，但使用不当也会给牙齿带来伤害。
电动牙刷的质量也是影响口腔健康的重要因素。优质的电动牙刷可清洁近半数牙菌斑，并降低牙龈炎和牙龈出血的概率；但对于一些靠电池驱动的电动牙刷，其产生的摩擦较大，振动不稳定，尤其是用牙刷清洁口腔深部时，牙刷头容易触碰牙齿，引起损伤。
旋转式的牙刷刷牙的方向是固定的，在清洁磨牙处的窝沟时，不如手动刷牙的效率高；声波式的牙刷则对力度的控制有较高要求，太轻起不到清洁作用，太重则刷毛在齿面不动，振动直接传到牙齿。
