甲状腺和肾脏也是密切相关的。肾综的患者可发生继发性甲状腺激素水平下降，即T3、T4明显降低，部分患者可表现为继发性甲状腺功能减退症。低甲状腺激素水平不仅会加重肾病本身的疾病，且会影响糖皮质激素对肾综的治疗效果。
在正常情况下，甲状腺激素从甲状腺分泌到血液以后，99%以上会和血浆蛋白结合，不被肾小球滤过掉，但当肾综时，肾小球基底膜通透性增加，滤过屏障受损，大量蛋白尿被排出，此时的甲状腺激素也会和结合蛋白一起排出，导致体内蛋白降低，甲状腺激素失去可以依靠的结合蛋白，所以血浆中甲状腺激素浓度降低。
另一方面，甲状腺激素水平低下，可引起肾脏血流动力学变化和排泄功能变化。甲减时，总体血容量不足，导致肾动脉血流量减少和肾小球滤过率降低，肾小管重吸收和分泌功能改变；而且还会引起体内糖皮质激素受体减少，从而影响激素对肾综的治疗效果。
总之二者相互促进相互影响。而它们又会同时导致高脂血症，使血栓栓塞的风险增加。所以，在治疗肾综的同时，要注意甲状腺素补充治疗。
