当艾灸开始起作用的时候，身体里的病症就会开始改善，在疾病渐渐消退的过程中会出现各种症状。
恶寒怕冷：出现在艾灸补充阳气后，体内寒气排出时;
痉挛：在人体特定部位的血液循环促进时;
打嗝：胃弱者胃肠内的浊气和毒素排出时;
便秘和头痛：五脏的机能虚弱，水分和纤维质摄取不足时;
频频放屁：肠内浊气和毒素排出，肠内的诸机能回恢复过程时;
皮肤发疹瘙痒症：体内的废物和毒素来不及从大小便迅速排出，通过皮肤排出时;
嗜睡、疲困和筋肉酸痛：酸性体质转换为碱性体质的过程，体内浊血中的毒素净化排出过程时。
艾灸部位的湿气和汗水：体内的湿气和寒毒排出时;
其他好转反应：气血虚弱者，艾灸促进气血运行和元气补充，新陈代谢旺盛，平时太弱的免疫力变强，体内滞留的各种淤血和废物或停滞的毒素，在未及排出时，发生一时的痛症。
或过去曾有病痛部位，初施艾灸数天后或艾灸过程中有旧患重现的现象，变得更加痛苦，这是病变的细胞转换健康细胞变化的过程，就像病根崩坏一样。其伴随发生的痛症是可以充分忍耐的，若忍耐坚持，痛症会渐渐变轻，人体有重新调整自然治愈疾病的能力。
艾灸以后，人体的免疫力增大，有时会产生更加强烈的劳累或痛症、大小便量增大、汗、痰、咳嗽、恶寒、发热、发疹、皮肤瘙痒症、体重减少、泄泻、便秘等多样的好转反应。
气虚者如果初行艾灸太强烈或长时间时，可能会有发烧高热或放松后无力感、眩晕、痛症加重、贪睡，或精神兴奋不能睡眠，或频繁打呵欠等症状。
此外放屁、血色大小便或呕吐或食欲不振症状等现象也是体内排毒反应。若继续艾灸，不久则再恢复正常。
有的刚开始艾灸后，手足发生麻刺痛，这是艾灸后的原先闭塞的经穴气血开始运行，促进体内的寒毒邪气和淤血等病根消去，即一经络通渐次百经络通的现象。
糖尿病患者艾灸后可能会有眼疾或头痛，或预测不到的牙痛等病症发生。有时有全身无力感。有时会发生泄泻或便秘，寒冷感或发热感，或咳嗽、流鼻涕、咳脓痰、宿便或排出脓一样的脂肪便等反应。这是神奇的艾灸帮助人体免疫力提升，重生自愈力后，发挥最大的自净排毒能力的生理反应。
艾灸的治疗效果，能波及全身，促使在五脏六腑蔓延的病邪和毒素排出体外。对此反应不用害怕，在有痛症的阿是穴周边和背后穴道周边及人体主要的经穴坚持艾灸，可能忍耐此反应的痛症，其病症日益好转，最终会自动治愈。
如果有真正有不能忍耐的痛苦好转反应时，可缩短艾灸时间或暂时中断艾灸至症状缓和时，再实践艾灸。
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