咖啡在长期摄取的情况下，大剂量的咖啡因是一种毒品，能够导致“咖啡因中毒”。咖啡因中毒包括上瘾和一系列的身体与心理的不良反应，比如神经过敏，易怒，焦虑，震颤，肌肉抽搐(反射亢进)，失眠和心悸 (一般人服用咖啡因是因为它的刺激作用，许多学生在应付考试时及做夜班的人均会服用咖啡因药片。
严格上的的上瘾的定义下，只有逐渐增高用量才是上瘾，用咖啡因依赖描述更为恰当一些，但是在一个被广泛接受的定义下，所有慢性的很难摆脱的行为都叫做上瘾，所以也可以用咖啡因上瘾来描述。)
另外，由于咖啡因能使胃酸增多，持续的高剂量摄入会导致消化性溃疡，糜烂性食道炎和胃食管反流病。然而，因为无论是正常的咖啡还是脱咖啡因咖啡，都会刺激胃粘膜，增加胃酸分泌，所以咖啡因可能不是咖啡唯一的成分。
咖啡的坏处具体表现在：
1、患高血压、冠心病、动脉硬化等疾病的人长期或大量饮用咖啡，可引起心血管疾病。
2、维生素B1缺乏者不适合喝咖啡，因为维生素B1可保持神经系统的平衡和稳定，而咖啡对其有破坏作用。
3、妇女绝经后，每天需要加十倍的钙量。老年妇女喝咖啡会减少钙质、引起骨质疏松。
4、胃病患者喝咖啡过量可引起胃病恶化。
5、孕妇饮过量咖啡，可导致胎儿畸形或流产。
6、饮用过量的咖啡对正常人有致癌的危险。
7、一般人早上和下午各一杯咖啡提神效果最好，超过这个量，不但不能达到提神功效，还会令人感到焦躁不安。
8、腹泻时喝咖啡，咖啡的利尿作用，会促使体内水分的排出而加重腹泻。
9、咖啡会刺激胆囊收缩，有胆结石倾向的人严禁喝咖啡。
10、饮用超过比你平常所习惯饮用量的咖啡，就会产生类似食用相同剂量的兴奋剂，会造成神经过敏。对于倾向焦虑失调的人而言，咖啡因会导致手心冒汗、心悸、耳鸣这些症状更加恶化。
11、高血压的危险人群尤其应避免在工作压力大的时候喝含咖啡因的饮料。
12、一般正常的成年人咖啡因的代谢需要2小时，可是肝病患者或是肝功能不全者，咖啡因的代谢可能需4-5小时，因此肝病患者在喝咖啡时就要一定要当心，最好不要在傍晚以后喝，以免因代谢时间长而影响睡眠，而且一天最好不超1杯。
13、小孩因孩童肝、肾的发育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代谢的半衰期会延长，所以一般说来，12岁以下儿童是需要禁止摄取咖啡因的。
任何东西都有两面性，摄取一定要有度！医生提醒：切忌在空腹时喝咖啡，因为咖啡会刺激胃酸分泌，尤其是有胃溃疡的人更应谨慎。咖啡作为一种饮品，饮用时，要根据个体情况适可而止，总的来说在营养学中还是强调均衡饮食而少用辛辣刺激食物。
