1型糖尿病、风湿性关节炎、乳糜泻等自身免疫性疾病的全球发病率在近几十年急速上升。 这些类型的疾病已经不稀罕了，开始相当普遍。 自身免疫性疾病是免疫系统对自身生物成分产生免疫反应，引起障碍的疾病。 本来，免疫系统只会对侵入生物体的外来物做出反应，杀灭或排斥这些异物。 在某些因素的影响下，机体的组织成分和免疫系统本身会出现某种异常，免疫系统会错误地将自己的成分作为外来物攻击。 这就像军队错误地把应该保护它的主人看作敌人，自己打自己。
那么到底发生了什么呢？ 为什么越来越多的人患有自身免疫性疾病？
我们的现代环境发生了什么，扰乱了我们的免疫系统吗？
似乎有人认为1型糖尿病的发生是“坏基因”的结果。 但是，这个想法没有得到充分的支持……
确实遗传对自身免疫性疾病的发病起着一定的作用，但在很多情况下遗传不是主要原因。 因为在过去的几个世纪里，自身免疫性疾病的发病率显着上升，但我们的基因变化很少。 另外，在狩猎民族和生活与旧石器时代环境非常相似的原始群居部落中，自身免疫性疾病非常罕见。 这些都是支持遗传不是自身免疫性疾病发病的主要原因。
仔细想想，寻找食物生活的人们几乎不会得自身免疫性疾病。 因为1型糖尿病和炎症性肠病等自身免疫性疾病对自然环境下的生存和繁殖能力有很大影响。 这些疾病对每个人的健康、体力和生活质量都有很大影响。
这些清楚地表明我们现代生活环境的一部分引起了人体免疫系统的功能障碍。 我们不能仅仅把这一切归咎于“坏基因”。 这不是我们的基因不好，而是环境变了。 我们的基因发挥得很好。 如果我们回到祖先时代，就不会引起自身免疫性疾病的发生。 只有在面临现代生活条件的情况下，他们才会表达对我们的不满，使我们的免疫系统失控，开始攻击我们自己。
那么有问题：我们的现代生活到底发生了什么？ 近年来许多科学研究越来越明确了这个问题的答案是共生微生物，菌群失调是自身免疫性疾病发生的根本原因。 这不是唯一的理由，但绝对是最重要的理由之一。
近年来，我们的生活环境发生了很大的变化，我认为将来得1型糖尿病和银屑病的人在增加。 最近的一个世纪，抗生素、其他药物和高度加工的食品等破坏微生物的各种东西进入了我们的生活。 另外，我们的生活也越来越远离自然，剖腹产和配方乳的饲养变得非常普遍。 把这些结合起来，很快就会知道为什么现代人的微生物处于这样的恶劣状态。
肠道微生物调节宿主的免疫系统
人类免疫系统非常强大，复杂，适应性强。 但是，那不能自给自足。 如果顺其自然的话，就不能随心所欲。 免疫系统的正常动作也取决于来自微生物的信号。
人体的免疫细胞大部分位于胃肠及其周围。 大肠是与人体有关的许多微生物存在的地方，也是人体最大的免疫器官，对人体的免疫功能起着重要的作用。
肠微生物严重的话宿主的免疫系统也不好。 如果肠中各种免疫细胞不能正确接受要求的信号，免疫系统有可能会困惑，本来友好健康的细胞会危害并攻击。 这可能导致胰腺细胞和其他免疫攻击友好有用的组织破坏，其中胰腺细胞破坏发生在1型糖尿病。
当这些类型的免疫反应发生在生命初期时，许多表观遗传过程发生在生命的前几个月或几年，因此对健康的影响可能特别具有破坏性。 炎症性肠病等自身免疫性疾病可能发生的部分，多是由异常微生物刺激引起的产前和产后免疫系统的异常发育和启动引起的。 发生这种情况时，在今后的生活中完全扭转的可能性很小。
在我们社会只有少数人被诊断为自身免疫性疾病，但这并不意味着我们很多人的免疫系统起作用。 当然，由于现代生活环境中大量破坏微生物的存在，现代社会大部分人的免疫系统或多或少都受到了影响。 我们中可能有很多人正在走上自我免疫性疾病的道路。
肠道菌群与自身免疫性疾病的科学研究
近年来，许多研究调查了自身免疫性疾病与肠道菌群的关系，这些研究充分证明微生物在自身免疫性疾病的发病中起着非常重要的作用。
肠道菌群失调相关自身免疫性疾病的研究：
干燥综合征
干燥综合征以共生微生物整体相对丰度下降和潜在病原微生物丰度上升引起的菌群失衡相关的泪腺、唾液腺等外分泌腺体为主，是经常出现口、眼干燥的全身性自身免疫性疾病。
类风湿性关节炎
许多研究表明肠道微生物与类风湿性关节炎的发病有关。 牙周组织、肺、肠道等经常暴露于细菌的粘膜部位中，有些可能是类风湿性关节炎发生的最初部位。
银屑病
肠内菌群通过增强Th17免疫反应促进银屑病样皮肤炎症。
1型糖尿病
1型糖尿病患者在血清转阳和疾病确诊之间的时间段肠道菌群多样性显着降低，同时伴有促进炎症的细菌数的增加和基因功能、血清和粪便代谢谱的变化。
炎症性肠病
许多研究分析了肠道菌群组成的变化与炎症性肠病发病的相关性，表明炎症性肠病是肠道菌群与粘膜免疫系统相互作用的变化引起的。
桥本氏甲状腺炎
越来越多的证据表明包括感染在内的环境因素是桥本氏甲状腺炎的原因。 不仅是病原菌，肠道共生微生物也会影响肠道外的免疫反应，肠道菌群紊乱可能会使机体对含有甲状腺球蛋白的自身抗原失去耐性，从而导致自身免疫性的桥本氏甲状腺炎的发生。
乳糜泻
乳糜泻是由于不能耐受麦胶(俗称面筋)而引起的慢性小肠吸收不良综合征。 最近关于乳糜泻的研究证据表明先天性免疫对刺激适应性免疫反应和粘膜损伤引起的免疫应答起作用。 肠道微生物和粘膜壁的相互作用也由激活先天性免疫的类似受体调节。 因此，肠内菌群的变化可能会导致炎症通路的活化。
肠道微生物与自身免疫性疾病关系的科学研究目前还处于初期阶段。 这些研究表明微生物在自身免疫性疾病中起着重要的作用，但为了明确肠道微生物在宿主免疫调节中的作用，还需要更多的研究。
以上关于自身免疫性疾病和肠道菌群的研究和肠道微生物在调节人类免疫反应中的作用，认为自身免疫性疾病很可能起源于肠道，肠道菌群的不平衡是自身免疫性疾病的根源。 当然，这也不是唯一的原因，其他因素也一定在起作用。 但是，我总是相信肠道菌群失衡时引起免疫相关疾病的主要原因。
了解不同自身免疫性疾病中具体哪种类型的肠道细菌消失、减少或增加，其实可能并不重要。 重要的是理解它的具体作用机制和它是如何联系起来的。 肠道菌群在自身免疫性疾病中功能障碍的中心是菌群多样性的下降和菌群的不平衡，这是引起疾病的原因，也是疾病引起的结果。
许多疾病会导致肠道菌群多样性的降低和炎症促进细菌的生长，相反菌群多样性的降低和炎症促进细菌的生长也有可能导致疾病的发生。 许多研究表明，菌群多样性的丧失和菌群的不平衡会引起一系列免疫功能紊乱，为自身免疫性疾病的发生奠定基础。
自身免疫性疾病也有可能发展成恶性循环，菌群多样性的丧失和/或菌群的不平衡会导致自身免疫性疾病的发生，自身免疫性疾病也有可能进一步加剧肠道菌群的紊乱。 例如，在炎症性肠病患者中，遗传敏感性及特定不适当的微生物环境引起的免疫系统功能障碍为肠道组织的慢性炎症的发生做好了准备。 确实，患有某种自身免疫性疾病的人可能更容易发生其他自身免疫性疾病，因为有很多与自身免疫性疾病类似的根源。
修复肠道，重新启动免疫系统
通常认为1型糖尿病等自身免疫性疾病不能治愈。 确实，自身免疫性疾病有时可能引起非常严重的损害，完全治愈确实很难或不可能。 但是，这种情况可能是少数。 一些研究表明，调节肠道菌群可以有效地治疗自身免疫性疾病。 例如，最近的研究表明粪便菌移植可以有效地缓解炎症性肠病。 这种类型的干预可能对其他自身免疫性疾病也有效。 例如，修复1型糖尿病患者的肠道菌群可能可以恢复大部分胰脏细胞的功能。 肠道菌群的修复应成为常规自身免疫性疾病防治的一部分。
