实验背景：可可中富含的多酚、五羟色胺等物质具有重要的医用价值。可可种子在果实成熟的发育期，是这些物质积累的最关键阶段。但是，这些物质在可可种子发育阶段的具体积累过程，目前并不十分清楚。
目的：借助于质谱技术，分析可可种子发育各阶段的初级、次级代谢产物以及相关蛋白质组变化，揭示可可种子在代谢物积累阶段的初级代谢、次级代谢过程，及其相应代谢调控通路的复杂的连续协同变化。
方法：GC-MS+LC-MS/MS代谢组；labelfree蛋白质组；多维统计学+数学模型分析
技术路线：
实验结果与结论：
初级代谢组主要检测到了糖、TCA循环、氨基酸等代谢产物；次级代谢组主要检测了20个苯丙烯酰氨基酸类、黄酮类代谢产物；蛋白质组鉴定到了887个蛋白质。在最早期发育的细胞分化和扩散阶段，TCA循环和芳香族氨基酸的代谢占主导，并伴随着从苯丙酸类代谢转移到黄酮类代谢的蛋白调控层面的变化。在反相积累发育阶段，果糖水解逐渐转变为棉籽糖合成；脂类以及参与脂代谢的蛋白质均表达增加，同时氨基酸类和苯丙烯酰氨基酸类水平下降。在成熟期，嘌呤碱、多酚和棉籽糖等代谢产物，以及与生物应激相关的蛋白质，均发生显著积累，从而使得种子产生特殊的苦涩味及获得抗逆能力。
Visualization of metabolite and protein dynamics in a biochemical pathway map.
总之，可可种子在不同发育阶段的关键代谢过程，主要是由一系列相关的初级代谢产物、苯丙酸、苯丙烯酰氨基酸类、五羟色胺、脂类、多酚类代谢所组成，覆盖了可可香味和功效的主要物质。
