引起婴幼儿胃食道反流的主要机制是，下食管括约肌一过性松弛，这是正常的现象，一天中会多次发生。
当下食管括约肌一过性松弛时，胃里的东西就会被放出来，涌入食管。超过80%的婴儿吐奶（胃食道反流）都发生在下食管括约肌一过性松弛的时候。并且发生了吐奶婴儿和没有吐奶婴儿里，出现下食管括约肌一过性松弛 的频率是一样的，只是一些婴儿在下食管括约肌松弛时食物涌上来了，一些没有。
另外，当在吞咽或者呕吐时，下食管括约肌也会一过性松弛，如果此时遇到额外的压力，大于了下食管括约肌的力量，食物就容易涌出了。任何可能增加这种压力的事，比如咳嗽，爬，坐，都可能加重反流。
四个月后更容易吐奶也是正常的。不用过于焦虑，在宝宝发育到一些重要的阶段，坐、爬时，胃食道反流就可能加重。这是一个必经的成长过程。
还有一些因素也被认为可能加重胃食道反流，包括胃排空（吃的过多或者消化慢），食物的影响，药物，产生胃酸多少的差异等。有不少研究期望了解胃排空对反流的影响，但这些研究都发现下食管括约肌一过性松弛对反流的影响远远大于胃排空的影响。并且下食管括约肌一过性松弛的频率在正常宝宝，反流的宝宝中没有差异，也不受到食物 （母乳或者配方奶），或者甲基黄嘌呤治疗的影响。所以，如果是吐奶，大家真的不用去找消化方面的原因。
按需喂养即可。不需要限制宝宝进食，相反，如果宝宝吐奶过多，可以稍等一下，再喂一些（如果宝宝愿意喝的话）。哪怕是配方奶喂养的宝宝，也可以按需喂养，尽量让奶瓶平放，或者稍微倾斜，直到奶瓶中的奶越来越少，再逐渐倾斜，尽量让宝宝来掌握进食的节奏，主动喝奶。
另外一个流传较广的关于胃食道反流的错误认识就是，胃食道反流是由于婴儿产生了有过多的胃酸，所以抑酸的药物可以缓解胃食道反流。很多研究的结论都反驳了这个观点，婴儿的胃酸，在调整了体重差异后，相对于成人来说也只有少，没有多。因此，胃食道反流不是由于过多的胃酸造成的。
最后，尽管胃食道反流的主要原因是下食管括约肌一过性松弛，一些其他疾病，也可能会出现“假性”胃食道反流的症状，但有着完全不同发病机制。
当孩子出现严重的胃食道反流症状，比如严重的呕吐导致发育迟缓；出现吐胆汁，吐血，非婴儿期的胃食道反流，或者神经病学上的征兆，或者有食物过敏，需要由有经验的医生作出诊断，呕吐的机制也就不同于单纯的胃食道反流了。需要看医生，做详细检查和具体诊断。
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