史前时代一百七十万年前：人类的祖先开始在印尼群岛的最大岛屿爪哇岛上生活。
四万年前：化石记录显示印尼此时已经有现代人（Homo Sapiens）生活。
西元前五千年：中南太平洋的澳斯特罗尼西亚人（Austronesian）开始从菲律宾移居印尼。
西元前三千年：在苏拉维西（Sulawesi）岛的西南边和东帝汶（east Timor）发现简单的陶瓶、碗和贝壳做的项链、珠子等。
西元前五百年到西元五百年：巴厘岛进入东颂铜器时代（Dong Son bronze age），这段时间的特徵是仪式用的铜鼓和斧头，装饰着几何、动物和人物图案，这种装饰风格深受印尼各地区艺术所影响，而且似乎还延伸到铸铜技术上。
印度化的王国
西元四百年：印度王国出现在爪哇和加里曼丹（婆罗洲）东部。
西元910年：爪哇政治中心迁移到东部，巴厘岛的印度化王国开始兴起。
约1000年：斯里维加亚（Sriviayan）被迫离开，艾雅蓝加（Airlangga）成功获得东爪哇，他的统治影响了巴厘岛的文化。
马加巴西的影响力
1275年：肯雅若克（Ken Arok）对抗斯里维加亚，成功派遣海上探险队，以争夺重要的海上贸易控制权。
1284年：爪哇王国的新加沙力（singasari）入侵巴厘岛。
1293年：维加亚（Wilaya）创立马加巴西（Majapahit）王国，并以克塔拉加萨（Kertarajasa）之名统治。
1343年：马加巴西的将军买加马达（Gajah Mada）入侵巴厘岛。
1403到1406年：政权争夺战爆发内战。
1429年：国家统一，马加巴西失去西爪哇海和海峡的控制权，由麻六甲的新与回教势力所取代。
十五世纪：爪哇岛上的回教势力促使马加巴西帝国灭亡，很多爪哇的印度教贵族逃往邻近的巴厘岛，今日巴厘岛文化的种子开始播下。所有群岛西部的贸易港口都被囊括在麻六甲的影响力下，包括爪哇岛北部海岸的重要港口。
1515年：马加巴西王国崩溃。
十六世纪初：爪哇的海岸王国开始回教化，统一的巴厘岛领土包括爪哇岛东部和伦波克。
荷兰统治时期
1596年：第一艘荷兰船只在爪哇的班顿（Banten）下锚。
1597年：第一个荷兰人抵达巴厘岛。
1882年：荷兰统一巴厘岛和伦波克岛成为一个行政区，并加强控制。
第二次世界大战和独立
1942年：日本侵略爪哇。
1944年：日本承诺让印尼独立，以换取印尼薄弱的支持。
1945年：日本投降，意图重新控制的荷兰人重回印尼。
1949年：荷兰承认印尼的独立主权，巴厘岛成为一省。
兴起中的王国和爪哇的马加巴西宫廷所影响，巴厘岛的黄金时代达到全盛，直到欧洲人介入为止。
巴厘岛的创世神话解释了巴塔拉古鲁（Batara Guru，意为大祭司）和布拉马（Brahma）神如何用泥土创造出人类。当神灵们把泥土做的人放进烤炉时，第一次的成果是火候不够，只烤出白色的人；第二次则是烤焦了，变成黑色的；最后一次，才终于烤出金棕色，而神灵也赋予最后烤出来年人类生命，变成巴厘岛民的先祖。
然而根据史实，现代巴厘岛民最早的祖先来自一群以打猎、采集为主要生活方式的澳斯特罗尼西亚人（Austronesian），他们在大约四千年前移民到印尼群岛，他们可能透过间接贸易与其他邻近岛屿有所接触。也有证据显示两千年前巴厘岛民已经与印度之间有间接贸易关系，透过与东南亚其他地区的接触，在大约西元一千年时，巴厘岛民学会铸铜和铸铁的技术，并制造出美丽的铜壶。
虽然我们并不知道这些后史前时期的巴厘岛民有什么样的社会制度，以目前已发掘出来的证据显示，当时有好几种不同的殡葬方式，包括瓶葬、裸葬（不用棺材埋葬），还有石棺葬。而采用石棺下葬的人可能是社会地位比较高的人，很多石棺刻有面具或神人同体形象，还有陪葬品，诸如珠宝、工具和陶器，显示出人们对死后世界的关心。
阶梯状或梯田状的石造结构，石椅或巨石柱（menhirs），是唯一可以一探古代巴厘岛民生活的证据之一，很多结构现在都还在用，它们显然与对祖先的崇拜有关，有些现代的宗教仪式还是和这些早期的信仰体系有关。直到最近还过着离群索民生活，住在深山中的巴厘阿加（Bali Aga）人，即巴厘岛“原住民”或称“古”巴厘岛民，可以代表巴厘岛史前时代的社会体系，他们的信仰中心是自然的神灵和祖先，山、火山和水则是许多人的信仰中心。
印度文化的影响
印度人，或是印度化的商人很早就和巴厘岛民有所接触，但我们并不确定这些接触是直接与印度接触，或是与爪哇岛上混合印度教和佛教的王国接触，但是毫无疑问的，西元七世纪时印度文化大幅影响东南亚地区，巴厘岛也是其中之一。
从印度引进的主要概念是一个神化的国王（god-king），而国王的概念是在西元十世纪前这段时间所形成的。早期的碑文显示，曾为统治者建立堪迪（candi），即神殿或寺庙，也有许多描绘当时重要人物或皇室外的雕像。印度化社会，或说印度教化社会的形成，从统治者接受一个宗教，并以之达到统治的目的，而当时的印度提供了文学、艺术和社会模式，还有神学和政治。
然而巴厘岛民仍融入了许多本土的信仰和模式，印度教的神明，尤其是湿婆神（Shiva，在巴厘岛话里称作Siwa），在当地都有所转化，他们通常转化为当地传统神灵，或是与之共存。也因此，巴厘岛从未变成印度教化的印度的复制品。这个时期的考古遗迹还有以古巴厘岛文篆刻的石头、铜或青铜的雕像和碑文。
同时期的特色还有岩石雕出来的寺庙、浴场和装饰的山洞，这些地方通常位处于河流、温泉旁，或是峡谷、山巅，显示其与古老宗教信仰的强烈关连。
国王的角色很重要，因为他是神界的化身，而他的宫殿（puri）则是天堂的缩小翻版，国王透过阶级化的宫廷和祭司行使宗教和世谷的权力，祭司通常位高权重。巴厘岛民相信，一国要能兴盛，端赖其国王行为遵循神明规范，国王如果行为不端或是荒淫腐败，祭司有时候会介入，推翻国王。
历史阶段
比较确切的历史资料要到十世纪之后才出现，虽然我们对这中间的认知仍有很大落差，我们知道，在十世纪末的西元991年，巴厘岛国王的爪哇籍太太为他生了一个名叫艾雅蓝加（Airlangga）的儿子。
巴厘岛与爪哇的关系在艾雅蓝加娶了爪蛙王国珊迦雅（Sanjaya）国王的女儿时，变得更为密切，而当他的岳父被杀之后，他击败了珊迦雅的敌人并且在之后的三十年统治当地。他的弟弟则变成巴厘岛的摄政王，两个兄弟都是很好的国王，符合印度教中理想国王应有的行为，在这段时间内，巴厘岛和爪哇之间的政治、文化互相融合，爪哇的文化强烈影响巴厘岛。此时，爪哇语开始取代古巴厘语，成为巴厘岛的官方与宫廷语言。
在当时，一般巴厘岛居民生活在半自治的村落中，村庄围绕着选出来的年长者形成的核心团体，这种生活方式与目前的巴厘阿加人村庄生活相当类似。艺术家、工匠、商人和外来者生活的核心外围，还有对国王负责，管理税收、奴工和贸易的官员。几个村庄、寺庙归一个领主管理，而领主则直接对国王负责，形成一个阶级化的社会。
当爱雅蓝加在1049年去世时，巴厘岛在之后的235年中，又变成一个独立的王国，有许多当时的碑文刻有众多巴厘岛统治者的统治时间。然而因为统治者常有不只一个名字，也有不同统治者共用一个名字或头衔，正确的时间排序变得很困难。在巴厘岛独立时期，国王们在古农卡威（Gunug Kawi），也就是诗人山的地方兴建了许多巴石鉴出来的陵墓，还有许多冥思用的洞穴，同时也有证据显示当时除了印度教外，佛教也具有相当的影响力。在哥亚加萨（Goa Gajah），佛教雕像和印度教遗迹同时存在。
当巴厘岛的统治者正互相倾轧时，爪哇的马加帕希帝国则在逐渐扩张，在爪哇东部，短命的新加萨里王国在1284年入侵巴厘岛，表面上看起来龙去脉统一了巴厘岛，带来和平。在1343年，巴厘岛又被马加帕希著名的将军加萨马达（Gajah Mada）所侵略。传说，加萨马达是到巴厘岛铲除残酷的国王贝达乌鲁（Beda Ulu），他的名字是“不同的头”的意思，并以其超能力闻名，据说他可以把他的头从脖子上取下，而国王厚颜无耻的行径怒了湿婆神，使他在一次取下头时，头颅掉到溪里被冲走。国王的部下杀了一头路过的猪，把国王的头换成猪头，从此国王下令禁止任何人抬头看他的脸。当加萨马达面见国王时，趁低头饮酒时偷偷抬起头来看传说中国王的猪头是不是真的，贝达乌鲁因经大发雷霆，并被自己的怒火所吞噬。
这个寓言式的故事神化了马加帕希击败贝达乌鲁的过程，之后并秀地一连串鬼儡政权统治巴厘岛，这些统治者被一群称为亚里亚斯（Aryas）的爪哇贵族所围绕，并在新首都附近有分封的领地，也就是现在的克伦孔附近，爪哇式的宫廷和宫廷文化在此生根。
村庄生活的新的马加帕希统治时代有所改变，原来的村庄结构被新的组织（banjar）所取代，将家庭依其责任分工组合一个团体，再由宫廷所指派的官员监督，原本村庄中分割核心团体和非核心团体的围墙也被拆掉，只剩下家庭院子之间区隔的围墙，也就是目前巴厘岛村庄结构的形成。抵抗为个改变的人则逃到山上，变成巴厘阿加人的先祖。
印度教的种性制度（caste system）也在此时传入巴厘岛，社会的顶端为祭司（Brahman），接下来是贵族（Sartria）、有领地的亚里亚斯贵族（Wesya），还有其他大多数人（Sudra）。虽然身为贵族的国王是统治者，可是祭司才真正握有权力，国家反映天堂的情景，只有国王正直，遵照各种仪式，国家才会强盛，这就是祭司的职责所在，祭司吟唱以古巴厘岛文、印度诗体写成的复杂诗歌（kekawin）来祝福。
巴厘岛的黄金时代
马加帕希帝国在1515年被回教王国所推翻，并逐渐在爪哇岛上扩张。由于不愿意屈服于新的宗教信仰，祭司、贵族、士兵和工匠纷纷逃到巴厘岛，更加强了已经在巴厘岛生根的印度教文化。巴厘岛民依其需要融入马加巴希的影响力，在这个过程中，他们形成了现代巴厘岛文化的核心，多数今日的语言、音乐、舞蹈、雕塑和文学，是发祥于此时期。
十六世纪是巴厘岛的黄金时代，巴图仁功（Batu Renggong）国王继承马加帕希王国的遗产，在1550年成为巴厘国王。在爪哇岛难民中，有一个叫做尼拉萨（nirartha）的祭司，他是大部分巴厘岛地位崇高祭司的先祖，他将崇拜湿婆神的祭司地位提升。他所引进的马加帕希仪式被认为比之前所引进的要有效，包括祭司的主要任务：制造圣水。尼拉萨也以文笔和吟唱诗歌的能力著名，并以文字和神秘的力量维持王国的强盛。
巴图仁功在吉尔吉（Gelgel）的宫廷中，配合尼拉萨支持的力量，将巴厘岛变为一个极权化的王国，击败东爪哇的布蓝邦冈（Blambangan），并在邻近的伦波克岛上殖民，巴图仁功和他的继任者成为公正统治者的代表
